ANALISIS GENETIKA MOLEKULER KUDA SUMBA BERDASARKAN URUTAN D-LOOP MITOKONDRIA

ANALISIS GENETIKA MOLEKULER KUDA SUMBA BERDASARKAN URUTAN D-LOOP MITOKONDRIA

Penelitian ini bertujuan mengkaji daerah nonkoding (D-loop) deoxyribonucleic acid (DNA) mitokondria kuda sumba. Tiga sampel darah kuda Sandel Wood dari Kabupaten Sumba Timur digunakan untuk isolasi DNA. Produk isolasi DNA diamplifikasi pada daerah D-loop parsial mitokondria dengan metode PCR, primer ECLOOP forward 5’-CGCACATTACCCTGGTCTTG-3’ dan primer ECLOOP reverse 5’GAACCAGATGCCAGGTATG-3’, pada kondisi predenaturasi 94° C selama 5 menit, denaturasi 94° C selama 30 detik, annealing 56° C selama 30 detik, elongation 72° C selama 45 detik, dan post elongation 72° C selama 5 menit sebanyak 35 siklus. Reaksi polymerase chain reaction (PCR) menghasilkan produk sepanjang 492 bp kemudian dilakukan pengurutan. Produk pengurutan D-loop dibandingkan dengan spesies kuda lain dari Genbank dan dianalisis menggunakan MEGA versi 4.1. Hasil analisis diperoleh 66 situs nukleotida yang berbeda. Urutan nukleotida D-loop yang dianalisis menggunakan Kimura 2- parameter ditemukan nilai paling kecil 0% dan nilai paling besar 2,9%. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbour joining dengan nilai bootstrap 1000 kali menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat dekat di antara kuda Sandel Wood. Artinya kuda Sandel Wood 2, 3, dan 4 berasal dari satu keturunan.

Y, Yuriadi

Widayanti, Rini

Artama, Tunas

Jurnal Kedokteran Hewan - Indonesian Journal of Veterinary Sciences; Vol 8, No 1 (2014): J. Ked. Hewan

Jurnal Kedokteran Hewan; Vol 8, No 1 (2014): J. Ked. Hewan

2502-5600

1978-225X

Syiah Kuala University

2014-03-01

Copyright (c) 2016 by author and J. Ked. Hewan

http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0

http://jurnal.unsyiah.ac.id/JKH/article/view/1250/1137

application/pdf

eng

info:eu-repo/semantics/article

info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Peer-reviewed Article

http://jurnal.unsyiah.ac.id/JKH/article/view/1250

10.21157/j.ked.hewan.v8i1.1250