ANALISIS GEN 16S RRNA BAKTERI BERPOTENSI PROBIOTIK DARI IKAN KEMBUNG (RASTRELLIGER SP.)

ANALISIS GEN 16S RRNA BAKTERI BERPOTENSI PROBIOTIK DARI IKAN KEMBUNG (RASTRELLIGER SP.)

Telah dilakukan analisis gen 16S rRNA dari dua isolat bakteri LUI-02 dan LUI-04. Isolat ini merupakan bakteri berpotensi probiotik yang telah diisolasi dari lambung dan usus ikan kembung (Rastrelliger sp.). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis bakteri dari kedua isolat dengan melihat homologi sekuen nukleotida dengan mikroorganisme yang terdapat pada GenBank. Pertama, DNA genom bakteri diamplifikasi menggunakan instrumen PCR. Dua pasang primer yang digunakan adalah Bact-27F dan Uni-1492R serta Com-1F dan Com-2R. Selanjutnya, hasil amplifikasi DNA dielektroforesis dengan agarosa 1%. Hasil elektroforesis dari kedua isolat menunjukkan bahwa pita DNA memiliki ukuran 1500 bp untuk amplifikasi menggunakan Bact-27F dengan Uni-1492R dan 250-500 bp untuk Com-1F dengan Com-2R bila dibandingkan dengan marker 1 kb DNA ladder (Thermo Scientific). Kemudian, dilakukan sekuensing untuk menentukan urutan nukleotidanya dengan metode Sanger. Hasil sekuen dibandingkan dengan sekuen 16S rRNA bakteri yang telah terdaftar di GenBank menggunakan Basic Alignment Search Tool (BLAST) untuk diketahui homologinya dengan bakteri lain. Selanjutnya dilakukan pensejajaran menggunakan Clustal W dan rekontruksi pohon filogenetik dengan metode Neighbor Joining menggunakan analisis bootstrap sebanyak 1000 kali ulangan. Hasil menunjukkan bahwa isolat LUI-02 memiliki homologi sebesar 97% dan nilai persentase bootstrap hasil rekontruksi yang diperoleh sebesar 90% dengan Shewanella algae strain OK-1. LUI-04 memiliki homologi sebesar 99% dan nilai persentase bootstrap 86% dengan satu strain Bacillus aryabhattai B8W22 dan tiga strain Bacillus megaterium (strain QM B1551, NBRC15308, dan ATCC 14581)Kata kunci : Bakteri Berpotensi Probiotik, Gen 16S rRNA, Pohon Filogenetik, Neighbor Joining.

Rasistia Ramadhani

http://etd.unsyiah.ac.id//index.php?p=show_detail&id=11587